配列を有効利用するために

微生物・植物・動物のゲノム比較サービス
Genome comparison services

  • ロングリードシーケンサの普及により、以前より正確で長鎖のゲノムコンティグ配列を手に入れることができるようになりました。
  • 長鎖のコンティグ配列は、これまで検出できなかった多くの新たな情報を提示してくれます。
  • 弊社では、近縁株間のゲノム配列比較、プロテイン配列比較等を行って、ゲノム配列の違いと表現型との違いの関係を検討するためのデータを提供します。

大きなゲノムの違いをリストアップ

  • ロングリードから作成したコンティグ配列を使って、転座/逆位/欠損/挿入部分をリストアップします。
  • ゲノム変化領域の境界近辺に位置する遺伝子のリストを作成します。

アミノ酸配列相互BLASTによる違いのリストアップ

  • 遺伝子の有無(株特異的遺伝子や欠損遺伝子のリストアップ)
  • アミノ酸配列の違い(アミノ酸置換の有無、トランケートや部分一致の有無)
  • 類似アミノ酸配列間のペアワイズアライメントを提供

アノテーション情報による絞り込み

  • 注目する既知蛋白質と類似性の高い遺伝子に絞る。
  • 注目する機能ドメインを持っている遺伝子に絞る。
  • アミノ酸置換を伴う変異を変異情報が豊富なヒトに外挿してアノテーションを付与する。
  • 株間の発現量比較結果と関連付けを行う。