バイオ事業

アノテーション付与サービス
Annotation services

　核酸配列やアミノ酸配列にリッチな注釈を付与し、遺伝子の機能解釈を補助します。

NCBI-nrへのBLASTによるアノテーションの付与

NCBI-nrへのBLAST(diamond)を実行し、3種類のタブ区切りテキストを提供します。

・Scoreが低い結果も含めた全BLAST結果

・Best hit protein=TOPヒット

・Named best hit protein=definitionに意味がある記述があるTOPヒット

EggNOGによるアノテーション

　OrthologDBである EggNOG への検索結果をタブ区切りテキストで提供します。EggNOG検索では、各配列に次のような情報が付与されます。

・Preferred name=Gene name

・Description=Gene description

・Gos

・EC

・KEGG

・CAZy

・BiGG_Reaction

・PFAMs

Interproによるアノテーション

　Interproは、複数のdomainデータベースを統合したdomainデータベースです。これに検索を行うことにより、1Queryに対して、複数データベース由来の複数のdomain情報が付与されます。

Interproscan result の利用

　Interproに検索した結果から、目的のドメインを持つ配列を抽出するサービスを提供します。特定のドメインを持っている配列をピックアップするだけではなく、複数種類のドメインのアミノ酸配列内での位置関係も指定して抽出することも可能です。

※※本サービスは、岡山県農林水産総合センター 生物科学研究所 鳴坂義弘先生と共同開発したプログラム Ex-Domain を利用しています。Ex-domainの論文はこちら

RNA-seq リード の利用

　RNA-seqのリードを利用して、種々の情報を作成します。