配列を有効利用するために

遺伝子カタログデータベース
Gene catalog Web system: AnSearch

  • 複数で膨大なアノテーション情報をWebシステムとして提供します。リッチなアノテーションを整理整頓し、簡単に検索・参照ができます。
  • Webブラウザを使って参照するシステムですので、組織内はもちろんのこと、インターネットを介して複数の研究者で情報を共有していただくことができます。
  • システムに新たなデータを追加していくことも、難しくありません。

格納データとデータ間の関係

ゲノム配列から予測された遺伝子配列、もしくは、mRNA配列をスタートデータとします。アノテーションを付与し、それらを関連付けてデータベース(mongodb)に格納、これらのデータをWebブラウザーで検索・参照することができます。

検索条件入力画面 − アノテーション情報に検索し、トランスクリプトをリストアップします。

検索結果一覧画面 − 検索条件に適合したトランスクリプトの一覧表です。付与されているアノテーションが俯瞰できます。

BLAST画面 − 配列データベースにblastを実行し、配列とアノテーションを手に入れます。

トランスクリプト詳細画面 − トランスクリプト配列の詳細なアノテーション情報です。

ゲノムブラウザ(Jbrowse) − ゲノム配列上にトランスクリプトの領域を示します。この図に示す方法は、転写制御領域の配列を取得する例です。

ゲノムブラウザ(Jbrowse) − エクソンの配列を取得することも可能です。