maze 株式会社メイズ

● これから実験を行われる方、すでにデータをお持ちの方で、ご質問やお困りのことがあれば、お気軽にご相談ください。

  ・種々の研究に適用し成果につなげていくには、実験を行う前のサンプル選択、シーケンシング方法やデータ解析方法等の検討が重要になります。弊社では、実験前の検討についても、データ解析の観点でご支援いたします。

  ・弊社では、網羅的解析に関して、確立されている方法はもとより、新たな解析方式やデータ処理方法の検討についてもご支援いたします。また、大量サンプルの管理、インハウスのクラウド構築等、コンピュータに関連した課題全般にソリューションをご提供します。まずは、お問い合わせフォーム、メール、お電話でお気軽にご相談ください。

● 研究目的を達成するための最適なシーケンシング方法をご提案します。

 ・Illumina NovaSeq6000
      RNA-seq 100bp paired-end 3G-
      DNA-seq 150bp paired-end 4G-
      Exome 150bp paired-end 5G-
 ・Illumina HiSeq X 150bp paired-end 45Gbp or 90Gbp
 ・PacBio RSⅡ800Mbp – 1Gbp / 1CELL
 ・PacBio Sequal 4G / 1CELL
 ・Illumina MiSeq 300bp paired-end 2Gbp
 ・Illumina HiSeq 2500 4000 100bp paired-end

● リード配列から、シグナル値や変異情報などのデータを作成します。

 ・genome de novo sequencing
 ・mRNA de novo sequencing
 ・mRNA expression
 ・ChIP sequencing
 ・Exome or Whole genome analysis
   ・SNV,CNV
   ・Structural variation
 ・r16 subunit
 ・Meta genome
 ・Meta transcriptome

● 膨大なシグナルデータや変異情報などを使った、候補遺伝子抽出作業を支援します。

 ・絞り込み結果を提供するだけでなく、どのような条件で絞り込むかをディスカッションしながら、作業を行います。

 ・ChIPのシグナルデータや、Expressionデータ、プロテオームのデータなどを組み合わせて、 候補遺伝子を絞り込みます。

・多検体の変異データから候補遺伝子を絞り込みます。

  ・例１：同一のガンについて、複数個体で同一個体のガン部位・正常部位で取得したSNV・CNV・Structural variationデータから、ガン部位に共通の変異（もしくは、変異が入っている遺伝子）を抽出する。
  ・例２：疾患発症家系の各個体から取得したSNV・CNV・Structural variationデータから、疾患と関連する遺伝子を抽出する。
  ・例３：導入遺伝子の位置を探索する。

● 候補遺伝子と表現型の関係の解釈を支援し、研究目的に合致したターゲット遺伝子候補のピックアップを支援します。

 ・論文から抽出した蛋白質情報のデータベース：KMデータ社製KeyMolnetを使用して、候補遺伝子の機能解釈を行いながら、ターゲット遺伝子候補のピックアップを支援します。

 ・候補遺伝子や研究内容（組織や現象）に関する公共の発現データを利用して、候補遺伝子の確認と解釈を支援します。

  ・Subio社製　Subruimによる解析
  ・NGLSRI社製　TPEXELによる解析

● 微生物の近縁株間比較を行って、ゲノム全体の構造の違いから、遺伝子の有無、１塩基の違いまでをデータ化します。

 ・一次構造の比較を行い、ゲノム全体の構造の違いを図で示します。
 ・アライメントできた領域とアライメントできなかった領域のリストやアライメントできなかった領域の遺伝子リストを提供します。
 ・株間でのアミノ酸配列の相互BLAST検索を実行し、同じ遺伝子が存在するかどうか、類似性がどの程度あるのかランキングを行います。
 ・相互BLASTして類似性があったアミノ酸配列どうしのアライメント結果を出力します。

・De novo sequencing で得られた予測遺伝子や仮想転写配列に、アノテーションを付与して提供します。

・簡易アノテーション

 ・NCBI-nrへのBLAST検索を実施しTOPHITのみをご提供
 ・hypotheticalを除いたTOPHITも提供
 ・特定の生物種、NCBI以外の配列セット、代表配列セットなどを対象にしたBLAST検索も行います。
 ・複数の配列セットへのBLAST結果を並列出力
 ・モチーフ検索（PFAM、InterProScan）
 ・機能予測（EGG/NOG*）

・アノテーションから目的遺伝子を探索

 ・目的遺伝子を抽出するためのアノテーションデータを付与してデータベース化、条件を検討して、目的遺伝子を探索します。

・アノテーション参照システム

 ・アノテーションサービスで作成されたデータを検索参照するためのWebシステムを提供します。

● 研究目的を達成するために、通常のデータ解析方法や手順では難しい場合についても、データ解析の手段をご提供します。

 ・新規研究手法の実現性や可能性の検討を支援します。

 ・新規研究手法に適合したプログラムやシステムを開発します。

● データ解析を継続的に研究室で行われる場合など、目的とご予算に応じた高性能コンピュータをご提案いたします。

・Bio Big-Analysis Pack RML
　Intel Xeon 2.6GHz～3.5GHz x 2 Total 28-Cores/56-Threads
　Memory:512GB、HDD：RAID6 実質容量約43TB
　19inch 42U server rack

・Bio NGS Analysis Middle
　Intel Xeon 2.6GHz～3.5GHz x 2 Total 12-Cores/24-Threads
　Memory:64G、HDD：RAID6 実質容量約21TB