バイオ事業 プロテオーム解析支援

Mammalian-PERFECT

プロテオミクスのための網羅的アミノ酸配列セット「Human-PERFECT」「Mammalian-PERFECT」

プロテオミクス解析現場で一般的に用いられている配列データベースは、NCBI nr や SWISS-PROT など既知蛋白質データベースです。既知蛋白質に Hit しない蛋白や 更に調査が必要な蛋白などは、dbEST の利用が考えられます。
しかしdbEST は、同じ由来遺伝子の EST を含み、非常に重複度合いが高い集団で且つ 全般的に配列長が短く、複数のペプチドに Hit しないなどの問題が考えられます。
一方で、未知遺伝子、低発現或いは組織特異的な蛋白遺伝子等は、EST として解析 されていない場合が考えられます。
Human-PERFECT は、「AssEST」のコンセンサス配列と「VTS-Express」の予測転写配 列より作成された、蛋白質質量解析のアミノ酸配列同定における理想的なアミノ酸配列データです。

* なお、「Human-PERFECT」「Mammalian-PERFECT」のご利用イメージは、タンパク質同定の検索エンジンをインハウスでご導入されていることを想定しております。

配列を利用する場合との比較

POINT dbEST配列を使う場 Human-PERFECT
A. 配列数（冗長性) 2700万アミノ酸配列 118万アミノ酸配列
B. 鎖長 短い 長い
C. 品質 よいものも悪いものもある 高品質配列 Genome Refined Consensus
D. 網羅性 低発現のものはない 低発現のものも含まれる
E. 蛋白質検索時間 Aにより非常に遅い Aにより速い
F. ヒット率 B,C,Dのため低い B,C,Dのため高い
G. データ前処理 研究者が行う 目的に応じて加工済み
H. 関連情報の検索 研究者が行う 「AssEST」や「VTS-Express」を参照
Human-PERFECT 格納配列
発現が確認されているESTから得られた仮想配列
EST をアセンブルしたコンセンサス配列 約20.1万個
高品質コンセンサス配列 約20.1万個
ゲノム塩基配列から予測された配列
ESTにヒットしない予測された配列 約 3.9万個
Non-redandant な仮想全蛋白質セット 約119万個
※数字は2002年12月Versionのデータです