次世代シーケンサ データ解析

次世代シーケンサ 受託解析サービス

実験計画からデータ解析まで、解析作業の各段階を支援いたします

・次世代シーケンサまたはその他の網羅的解析に関するご相談

・次世代シーケンサ受託シーケンシング

・次世代シーケンサ データ解析サービス

・候補遺伝子探索データ解析

・候補遺伝子機能解釈支援

・近縁株間比較解析サービス

・アノテーション収集付与サービス

・新規研究手法のための
   データ処理方法の検討・提案・プログラム開発・システム構築

・データ解析用高性能コンピュータの販売

 

データ解析のご相談に対応します

次世代シーケンサをはじめとする網羅的解析方法は、いろいろな研究テーマに適用され、さらに、新しい適用領域も開発されています。種々の研究に適用するためには、実験を行う前に、データ解析の観点からも、手法やサンプル選択等の検討が重要になります。

弊社では、網羅的解析をどのように行えば良いのか、確立されている解析はもとより、新たな解析方式の開発や処理方法の検討についてもご支援いたします。また、大量サンプルの管理、インハウスのクラウド構築等、コンピュータに関連した課題全般にソリューションをご提供します。まずは、お気軽にご相談ください。

対応アプリケーション一覧

※名称をクリックするとカタログが表示されます。

名称説明納品形態
GAS
Genome Annotation System
原核生物ゲノムアノテーションデータベース
利用ツール:Glimmer、BLASTX+NCBI-nr、NCBI-Gene NCBI-GO
真核生物ゲノムアノテーションデータベース
利用ツール:Augustus、BLASTX+NCBI-nr、NCBI-Gene NCBI-GO
※Genome assemblyは、別途お見積り
Webシステム
お客様の
コンピュータに
インストール
AssEST
Transcriptome annotation system
トランスクリプトームアノテーションデータベース
利用ツール:BLASTX+NCBI-nr、NCBI-Gene NCBI-GO
Webシステム
お客様の
コンピュータに
インストール
Rich annotationリッチアノテーションTSVファイル
SNV callingSNVコール
利用ツール:BWA、GATK 2.3
VCFファイル
SNV screeningSNV絞込み 多検体群の頻度による絞込み、変異群間の集合演算
利用ツール:dbSNP、1000genome、SIFT、UCSC knowngene
クラウド利用
候補変異リスト
候補遺伝子リスト
TSVファイル
Target sequencing Bulk primer designターゲット領域設計&バルクプライマー設計
利用ツール:Primer3
クラウド利用
SNV confirmation Bulk primer designSNV用バルクプライマー設計
利用ツール:Primer3
クラウド利用
mRNA-seq by genomeモデル生物用 発現解析
利用ツール:tophat、cufflinks、bowtie
発現量値
(転写物、遺伝子)
TSVファイル
mRNA-seq by Transcritome非モデル生物用 発現解析システム
利用ツール:Trinity、TGICL、RSEM、Bowtie
発現量値
(転写物、遺伝子)
TSVファイル
CHIP-seqChIP-seq、Metyl-seq
利用ツール:BWA、MACS
結合部位候補
TSVファイル
rRNA Subunit analysisリボゾームRNAを利用した菌叢解析
利用ツール:QIIME
※出力内容はご相談
BLAST解析BLAST解析
利用ツール:BLAST
クラウド利用
Subio Platform*1候補遺伝子抽出作業(発現解析、ChIP-seq解析)SSAファイル
Keymolnet*2候補遺伝子の解釈、及び、意味による絞込候補遺伝子リスト等
次世代シーケンサデータ解析相談窓口サービスメンテナンス
ヘルプデスク
コンサルティング(オプション)

*1:Subio Platformは、株式会社Subioの製品です。

*2:Keymolnetは、株式会社KMデータの製品です。