次世代シークエンサー データ解析

次世代シークエンサー 受託解析サービス

 

次世代シークエンサーによる受託解析をパッケージ化。
高品質な受託シークエンシングと高度なデータ解析を低価格で提供

 

受託解析サービスの特長

・シークエンシングは、マクロジェン・ジャパン(株)に依頼。
安定して、高品質なリード配列が納品されます。

・広く世界的に利用されているフリーソフトウエアを使用して
データ解析を実施。ソフトウエアの持っている能力を
最大限に活用できるよう、多くの解析オプションが指定可能です。

・多検体のデータ解析結果から、
候補遺伝子を絞込むサービスやツールも用意しました。

・De novo sequencing で得られた多量の配列について、
BLAST検索やID検索ができるプログラムも販売しています。

・研究の内容をお聞きして、データ解析方法や
ツールプログラムのご提案をいたします。

 

 

はじめに

弊社の「 次世代シークエンサー 受託解析サービス 」は、シークエンシングから候補遺伝子の絞込みまで、お客様に成果をあげていただくことを目的として、最適のソリューションをご提供する「 研究支援サービス 」です。

高品質シークエンシング

弊社のシークエンシングサービスは、韓国に解析拠点を置く、マクロジェン・ジャパン(株)に依頼します。マクロジェンは、長年に渡り、ワールドワイドにシークエンスビジネスを展開してきました。その経験とノウハウで、常に高品質なシークエンシングサービスを実施します。

さらに、多種のシークエンサーや豊富な解析メニューが用意されており、お客様の研究ニーズにフィットしたサービスをご提案いたします。

複雑で高度なデータ解析

弊社のデータ解析には、広く利用されていて、高度な解析が可能なフリーソフトウエアを組み合わせて使用しています。データ解析の処理手順をわかりやすいステップに整理し、できる限り多くのパラメータを指定可能とし、種々の解析方法を選択することができるようにしました。また、受託データ解析パイプラインはWeb化され、作業コストの軽減をはかり、高度で複雑な解析を低価格でご提供可能にしています。

NGS受託画像1

図1:SNV Calling:4段階のSTEPに分解。入力データはリード配列とBAMを選択可能。1サンプルに複数Runのリード配列を設定可能。さらに、1回のコールに複数サンプルを指定可能。

NGSWAS画像2

図2:mRNA-seq:Cufflinksが用意している3種類の解析方式を選択可能。1サンプル複数Runのリード配列を指定可能。

NGSWAS画像3

図3:De novo のmRNA-seqによる発現解析のシステムでは、リファレンス配列作成のアセンブルを2段階で実行します。2段階目は、実績のあるサンガー法のアセンブラであるTGICLを利用し、既存のcDNA配列やロングリードの配列などを組み込むかことができます。これにより、NGS用のアセンブラの弱点を補完して、より長いContig配列を得ることができます。

候補遺伝子の絞込み作業も提供

リード配列から種々の“シグナル“を得ることができたとしても、候補遺伝子を得ることができたわけではありません。まず得られた測定結果を評価し、比較等を行い、候補遺伝子をリストアップすることが必要です。

さらに、多量の候補が出た場合や解釈に困る候補を得ることがあります。その中から実験を行う候補を選ぶためには、論文を読み機能的な“解釈”や“想定”を行って、候補を絞る必要があります。この候補絞込み作業も、弊社が販売紹介する高性能ツールを利用して受託解析いたします。

NGSWAS画像4

図4:弊社では、Callされたデータを研究者の方々がディスカッションしながら候補絞込むことができる、ディスカッション指向型のツールソフトウエアを提供しています。

簡易BLASTプログラムを提供

De novo sequencing で得られた膨大な数のContig配列は、PC上のソフトウエアで開くのは困難です。また、BLAST検索を行う環境を整えることもすべての方が簡単にできるわけではありません。そこで、BLAST機能とID検索機能のみの持った、PCにインストールして利用する簡易BLASTプログラムをご用意しました。

NGS受託画像2

 

図5:簡易BLASTプログラムの画面

データ解析のご相談に対応します

NGSは、いろいろな研究テーマに適用され、さらに、新しい適用領域や解析方法も開発されています。種々の研究に適用するためには、シークエンシング前のDNA調製法とデータ解析法が重要になります。

弊社では、データ解析をどのように行えば良いのか、確立されている解析はもとより、新たなに解析方式の開発や処理方法の検討についても支援いたします。また、大量サンプルの管理、インハウスのクラウド構築等、コンピュータに関連した課題全般にソリューションをご提供します。まずは、お気軽にご相談ください。

対応アプリケーション一覧

※名称をクリックするとカタログが表示されます。

名称説明納品形態
GAS
Genome Annotation System
原核生物ゲノムアノテーションデータベース
利用ツール:Glimmer、BLASTX+NCBI-nr、NCBI-Gene NCBI-GO
真核生物ゲノムアノテーションデータベース
利用ツール:Augustus、BLASTX+NCBI-nr、NCBI-Gene NCBI-GO
※Genome assemblyは、別途お見積り
Webシステム
お客様の
コンピュータに
インストール
AssEST
Transcriptome annotation system
トランスクリプトームアノテーションデータベース
利用ツール:BLASTX+NCBI-nr、NCBI-Gene NCBI-GO
Webシステム
お客様の
コンピュータに
インストール
Rich annotationリッチアノテーションTSVファイル
SNV callingSNVコール
利用ツール:BWA、GATK 2.3
VCFファイル
SNV screeningSNV絞込み 多検体群の頻度による絞込み、変異群間の集合演算
利用ツール:dbSNP、1000genome、SIFT、UCSC knowngene
クラウド利用
候補変異リスト
候補遺伝子リスト
TSVファイル
Target sequencing Bulk primer designターゲット領域設計&バルクプライマー設計
利用ツール:Primer3
クラウド利用
SNV confirmation Bulk primer designSNV用バルクプライマー設計
利用ツール:Primer3
クラウド利用
mRNA-seq by genomeモデル生物用 発現解析
利用ツール:tophat、cufflinks、bowtie
発現量値
(転写物、遺伝子)
TSVファイル
mRNA-seq by Transcritome非モデル生物用 発現解析システム
利用ツール:Trinity、TGICL、RSEM、Bowtie
発現量値
(転写物、遺伝子)
TSVファイル
CHIP-seqChIP-seq、Metyl-seq
利用ツール:BWA、MACS
結合部位候補
TSVファイル
rRNA Subunit analysisリボゾームRNAを利用した菌叢解析
利用ツール:QIIME
※出力内容はご相談
BLAST解析BLAST解析
利用ツール:BLAST
クラウド利用
Subio Platform*1候補遺伝子抽出作業(発現解析、ChIP-seq解析)SSAファイル
Keymolnet*2候補遺伝子の解釈、及び、意味による絞込候補遺伝子リスト等
次世代シーケンサデータ解析相談窓口サービスメンテナンス
ヘルプデスク
コンサルティング(オプション)

*1:Subio Platformは、株式会社Subioの製品です。

*2:Keymolnetは、株式会社KMデータの製品です。