バイオ事業

受託のデータ解析をお考えのお客様へ

1次解析で出力されたベースコールデータの2次解析、3次解析をおまかせください。

受託解析サービス一覧
サービス名 特徴
SNPアノテーション ・UCSC のknownGene(CDSがある配列)を使う事でスプライシングバリアント毎に正確な解析ができます。
・11種類の情報でSNP を評価できます(ナンセンス,ミスセンス,ジャンクションポイント…)
・シーケンスターゲット領域に属する遺伝子の転写領域内に位置するCallされたSNPに対して評価を行います。
 RNA-Seqアノテーション ・UCSC のknownGene および関係するアノテーション情報を使用します。
・簡易なサンプル間比較を行います。
・発現差のある遺伝子のアノテーション(GO,OMIM,Kegg)による絞込みが可能です。
・検索条件にヒットした転写産物を、KeggのPathwayと RefSeq単位にまとめ、多くのRefSeqを含むKeggのPathway順にリスト表示します。
・UCSC の転写因子情報による絞り込みが可能です
 ChIP-Seqアノテーション ・UCSC のknownGene および関係するアノテーション情報を使用します。
・実験的に求めた転写因子近傍の遺伝子を絞り込む
・転写因子結合部位をアノテーションで絞り込む
 メタゲノム解析データベースシステム ・インハウスシステムとして提供します。
・豊富な検索条件
 AssEST ・大規模なESTをデータベースで参照可能
・高機能グラフィカルビューア搭載
・配列データ公開システムとして利用可能
 その他ご相談に応じます 構造変異(Structural Variation)、Methylation and Epigenomics、smallRNA …

 

SNPアノテーション

 本サービスの内容

SNPアノテーションの内容

【特徴】

  • キャプチャー領域の設計ツールを提供します(オプション)。
  • UCSC のknownGene(CDSがある配列)を使う事でスプライシングバリアント毎に正確な解析ができます。
  • 11種類の情報でSNP を評価できます(ナンセンス,ミスセンス,ジャンクションポイント…)。
    シーケンスターゲット領域に属する遺伝子の転写領域内に位置するCallされたSNPに対して評価を行
    います。
  • 低カバー率のキャプチャー領域をレポートします。
SNP評価情報
名称 領域 範囲 位置表示
UPST mRNA5’上流 mRNA5’端-2000塩基 ※1 CDS開始点からの塩基位置 UPST-1301
UTR5 5’UTR mRNA5’端〜CDS開始 UTR5-10
CSYN CDS 同義置換 CSYN+341
CMIS CDS 非同義置換 CMIS+234
CNON CDS ナンセンス置換 CNON+1234
CFRM CDS フレームシフト CFRM+1234
SPL5 スプライスジャンク
ション5’側
スプライス位置から15塩基 ※1 5’側ジャンクションからの塩基位置 SPL5+3
SPL3 スプライスジャンク
ション3’側
スプライス位置から15塩基 ※1 3’側ジャンクションからの塩基位置 SPL3-4
INTR イントロン SPL5,SPL3を除くイントロン上 5′,3’のジャンクションから近い方の塩基位置
5’側は+表記、3’側は-表記
INTR-237
UTR3 3’UTR CDS終端〜mRNA3’端 CDS終端からの塩基位置 UTR3+20
DWST mRNA3’下流 mRNA3’端〜+500塩基 ※1 DWST+100

※1 値は絞込み条件で指定可能です。

【3次解析処理】

  • SNP 候補位置情報取得処理
    ・SnpCaller (SAM-Tools)を使用して、SNP 候補位置情報を取得します。
  • 入力処理
    ・コールされたSNPのゲノム位置を転写配列のゲノムマップ情報を使って、転写産物上の位置に変換します。転写産物のゲノムマップ情報
  • 評価処理:SNPの評価
    ・転写産物単位に、SNPに対し、アミノ酸置換の情報、スプライシングジャンクション位置等との関係をデータ化します。
    SNPの評価
  • 出力処理
    ・下記の絞込み条件により4種類のレポートを出力します。
絞込み条件
条件
UCSC knownCanonical(遺伝子を代表するmRNA)の評価のみを報告する
報告する5’スプライスサイトからの塩基数
報告する転写配列の上流の塩基数
報告する転写配列の下流の塩基数
SNP塩基の割合が指定されたパーセンテージ以上のものに絞る
レポートをExcelに読み込むとHTMLリンクになるHYPERLINKを付与する/しない
出力レポート
説明
全てのCallされたSNP評価情報のレポート
Callされた全てのSNPとdbSNP情報のレポート
機能に大きく影響を及ぼすSNPのレポート(ナンセンス,ミスセンス,ジャンクションポイント、フレームシフト)
機能に大きく影響を及ぼすcallされたSNPと dbSNPのレポート(ナンセンス,ミスセンス,ジャンクションポイント、フレームシフト)・転写領域外に位置するSNPについてはご相談ください。

・転写領域外に位置するSNPについてはご相談ください。
・レポート結果の参照システムをご提供する事ができます。

RNA-Seqアノテーション

本サービスの内容

RNA-Seqアノテーションの内容
※1:発現解析のラインは、下記の2種類の組み合わせが可能です。
(1)Bowtie or Pipeline + ERANGE(遺伝子単位の発現解析)
(2)Bowtie or TOPHAT + cufflinks(転写産物単位の発現解析)

【特徴】

  • UCSC のknownGene および関係するアノテーション情報を使用します。
  • 簡易なサンプル間比較を行います。
  • 発現差のある遺伝子のアノテーション(GO,OMIM,Kegg)による絞込みが可能です。
  • 検索条件にヒットした転写産物を、KeggのPathwayと RefSeq単位にまとめ、多くのRefSeqを含むKeggのPathway順にリスト表示します。
  • UCSC の転写因子情報による絞り込みが可能です。

【3次解析処理】

  • 発現頻度情報作成処理
    ・Counterを使用して遺伝子単位の発現頻度情報を取得します。
  • 入力処理
    ・Counter の出力をサンプル名を付けたデータセットとして、本システムにインポートします。
  • 比較処理
    ・サンプル間の同じ遺伝子について、発現量指標値同士を比較して、指定された条件に合致する遺伝子だけのリストを作成します。
 比較条件の例
種別 比較条件例
サンプル間の発現量数値比較 サンプルAとサンプルBの発現量差が2倍以上
サンプルAよりサンプルBが小さい
発現の有無 サンプルAのみ発現し, サンプルBとサンプルCには発現していない
サンプルAとサンプルCのみ発現し, サンプルBには発現していない
  • 出力処理
    ・発現量比較結果は、RefSeq の GeneSymbol+ゲノム位置の一覧で出力されます。比較結果をアノテーション情報で絞り込むために、公共DBの情報を利用します。
絞込み条件
条件
遺伝子名(GeneSymbol)
ゲノム上の遺伝子位置(start,end)
Gene Ontology(GO)の goId
keggPathwayの mapID
keggPathway の keggDescription
OMIM の omimId
mRNA のアクセッション番号
転写因子ID(transcriptionFactorId)※1
5`側転写制御領域、3`側転写制御領域、遺伝子領域内の指定、転写制御領域の範囲の指定※1

※1 転写産物をリスト化するレポートでのみ有効な条件です。

  • オプション
    ・指定したGOID 以下の階層の GOID一覧表示を行う。
出力レポート
説明
転写産物リストまたは、遺伝子リストのレポート
検索条件にヒットした転写産物を、KeggのPathwayとRefSeq単位にまとめ、多くのRefSeqを含むKeggのPathway順にリスト表示するレポート
通常の検索条件に加えて、転写因子のIDと結合領域と転写産物との位置関係と距離を条件に指定して、指定されて転写因子の結合部位が近傍にある転写産物をリスト化するレポート

・レポート結果の参照システムをご提供する事ができます。

ChIPSeqアノテーション

本サービスの内容

ChIPSeqアノテーションの内容

【特徴】

  • UCSC のknownGene および関係するアノテーション情報を使用します。
  • 実験的に求めた転写因子近傍の遺伝子を絞り込む
  • 転写因子結合部位をアノテーションで絞り込む

【3次解析処理】

  • 発現頻度情報作成処理
    ・Counter を使用して結合部位候補ゲノム位置情報を取得します。
  • 入力処理
    ・Counter(MACS)の出力情報を、ChIPSeqアノテーションに読み込みます。
  • 出力処理
    ・Counter(MACS)でコールされたグナルの位置情報の内、summitの位置を、各転写産物のゲノム位置と比較して、 指定された条件に合う位置の転写産物をリストアップします。また、Counter のスコア値に対しても条件を指定することができます。さらに、この比較結果をアノテーション情報で絞り込むために、公共DBの情報を利用します。
絞込み条件
条件
遺伝子名(GeneSymbol)
ゲノム上の遺伝子位置(start,end)
Gene Ontology(GO)の goId
keggPathwayの mapID
eggPathway の keggDescription
OMIM の omimId
mRNA のアクセッション番号
MACSの出力のpvalueのphred表現
λlocal は周辺または全体のバックグラウンドノイズ
alse discovery rate
5`側転写制御領域、3`側転写制御領域、遺伝子領域内の指定、転写制御領域の範囲の指定

出力レポート

説明
プロジェクトに格納されたChIPSeqのシグナル(転写因子結合候補部位)の近傍にある遺伝子や転写産物をリスト化します。また、検出された遺伝子についてアノテーションを付与して出力します。

・レポート結果の参照システムをご提供する事ができます。

メタゲノム解析データベースシステム

【特徴】

  • メタゲノム解析データベースを最短一ヶ月で構築いたします。
  • データ更新・維持管理のサービスもご提供可能です。

メタゲノムデータへの検索ユーザインターフェース

 

AssEST

お客様が独自に解析したESTやcDNA或いは公共データベースの配列データを格納することができるAssESTをベースにしたパッケージシステムをご提供いたします。
本システムは、「大量のESTやcDNAにも対応可能なAssESTのDB」・「Blastやキーワード検索などの各種検索機能」・「配列データをグラフィカルに1塩基配列レベルで閲覧することができる高機能グラフィカルビューア」で構成されています。遺伝子解析のツールや大規模なcDNAの公開システムとして導入実績があります。
AssESTの詳細はこちらご参照下さい(http://www.maze.co.jp/bio/genome/57.html

導入実績(一部)

その他ご相談に応じます

構造変異(Structural Variation)、Methylation and Epigenomics、smallRNA ..